Lo primero que debes hacer es parar el motor inmediatamente. Rápidamente debes devolver a la moto a su posición original, ya que de lo contrario empezarían a derramarse la gasolina y el aceite. Para dar la vuelta a la moto te sitúas en la parte de atrás y la debes girar en el mismo sentido del reloj. Esto es muy importante, ya que de no hacerlo en este sentido te puede entrar agua por los carburadores.

Una vez la moto está en su posición original, te subes y antes de ponerla en marcha utiliza la bomba de achique para extraer el agua que te haya podido entrar. Si el motor no arrancase con normalidad es posible que le haya entrado agua. Lo mejor en estos casos es sacar la moto y llevarla a un taller autorizado.

Es conveniente vaciar el depósito de combustible y de aceite por si tuviesen agua en su interior. Instala bujías nuevas y limpia a conciencia el filtro de aire con gasolina. Conviene desmontar los carburadores y limpiarlos. Comprueba la batería, es posible que el agujero de aireación pueda estar obstruido ( si es sellada no importa ).
Si tienes conocimientos de mecánica puedes intentar sacar el agua del interior del motor desmontando filtros y bujías y, poniendo la moto de lado, dar arranque para que el motor expulse el agua que pudiese tener.